На заседании исполкома УЕФА был утвержден принцип распределения мест в Кубке Интертото-2006, в соответствии с которым снизится общее количество участников турнира. Основной список участников будет составлен, принимая во внимание количество национальных ассоциаций, которые подтвердят свое участие в Кубке Интертото. Кроме того, будет создан список ожидания - в случае, если какие-то из ассоциаций не заявят клубы для участия в турнире, вакантные места будут распределены среди занесенных в него национальных ассоциаций в соответствии с рейтингом УЕФА.

Изменится и формат Кубка Интертото в сезоне 2006/07. В соответствии с новыми правилами проведения турнира, вместо пяти раундов будет сыграно всего три. Одиннадцать команд, которые выйдут победителями в третьем раунде, получат места во втором отборочном раунде Кубка УЕФА.