На этой стадии в борьбу вступят еще 18 клубов, среди которых экс-обладатель Кубка европейских чемпионов и Кубка УЕФА ПСВ, а также дебютанты еврокубков "Халл Сити", "Эрмис" и "Кардемир Карабюкспор". Еще 40 команд примут участие на этом этапе на правах победителей второго отборочного раунда.

Команды/пары поделены на две части согласно коэффициентам в рейтинге УЕФА. Сеяные и несеяные клубы поровну распределены по пяти группам. Если клуб-участник второго отборочного раунда имеет достаточно высокий коэффициент, чтобы быть сеяным на следующей стадии, то победитель пары с его участием будет автоматически посеян при жеребьевке третьего отборочного раунда. Каждый сеяный клуб встретится с несеяным из своей группы. Клубы, представляющие одну и ту же национальную ассоциацию, не могут играть друг с другом.

Матчи третьего отборочного раунда запланированы на 31 июля и 7 августа. В раунд плей-офф выйдут 29 победителей данной стадии и 15 неудачников третьего отборочного раунда Лиги чемпионов УЕФА, а еще 18 клубов получили туда автоматический пропуск.

Корзины посева
Сеяные команды выделены жирным шрифтом

Группа 1
"Черноморец" (UKR)
"Люцерн" (SUI) / "Сент-Джонстон" (SCO)
"Русенборг" (NOR) / "Слайго Роверс" (IRL)
"Калев" Силламяэ (EST) / "Краснодар" (RUS)
"Лион" (FRA)
"Майнц-05" (GER)
"Млада-Болеслав" (CZE) / "Широки Бриег" (BIH)
"Литекс" (BUL) / "Диошдьер" (HUN)
РНК Сплит (CRO) / "Хапоэль" Беэр-Шева (ISR)
"Зестапони" (GEO) / "Спартак" Трнава (SVK)
"Кардемир Карабюкспор" (TUR)
"РоПС" (FIN) / "Астерас" (GRE)

Группа 2
"Будучность" (MNE) / "Омония" (CYP)
"Торино" (ITA)
"Халл Сити" (ENG)
"Нымме Калью" (EST) / "Лех" (POL)
"Мольде" (NOR) / "Горица" (SVN)
ПСВ (NED)
"Лячи" (ALB) / "Заря" (UKR)
"Мазервелл" (SCO) / "Стьярнан" (ISL)
"Металург" Скопье (MKD) / "Железничар" (BIH)
"Броммапойкарна" (SWE) / "Крузейдерс" (NIR)
"Тренчин" (SVK) / "Войводина" (SRB)
"Ботев" (BUL) / "Санкт-Пельтен" (AUT)

Группа 3
"Реал Сосьедад" (ESP)
"Астана" (KAZ) / "Хапоэль" Тель-Авив (ISR)
"Атромитос" (GRE)
ЦСКА София (BUL) / "Зимбру" (MDA)
"Кошице" (SVK) / "Слован" Либерец (CZE)
"Зюлте-Варегем" (BEL) / "Завиша" (POL)
"Астра" (ROU)
"Чукарички" (SRB) / "Гредиг" (AUT)
"Абердин" (SCO) / "Гронинген" (NED)
"Линфилд" (NIR) / АИК (SWE)
"Сараево" (BIH) / "Хеугесунн" (NOR)
"Дерри Сити" (IRL) / "Шахтер" Солигорск (BLR)

Группа 4
"Динамо" Москва (RUS)
"Янг Бойз" (SUI)
"Кайрат" (KAZ) / "Эсбьерг" (DEN)
"Виктория" (CZE)
"Риека" (CRO) / "Ференцварош" (HUN)
"Эльфсборг" (SWE) / "Интер" Баку (AZE)
"Викингур" (FRO) / "Тромсе" (NOR)
"Петролул" (ROU) / "Флямуртари" (ALB)
"Хапоэль" Кирьят-Шмона FC (ISR)
"Эрмис" (CYP)
"Рух" (POL) / "Вадуц" (LIE)
"Неман" (BLR) / "Хабнарфьордюр" (ISL)

Группа 5
"Дандолк" (IRL) / "Хайдук" (CRO)
ЧФР (ROU) / "Ягодина" (SRB)
"Риу Аве" (POR)
"Бурсаспор" (TUR) / "Чихура" (GEO)
"Брюгге" (BEL)
"Дьор" (HUN) / "Гетеборг" (SWE)
"Динамо" Минск (BLR) / "МюПа" (FIN)
"Нефтчи" (AZE) / "Копер" (SVN)
"Атлантас" (LTU) / "Шахтер" Караганды (KAZ)
"Брондбю" (DEN)

Этот список носит предварительный характер и может быть изменен в случае решений различных дисциплинарных инстанций. Он также должен быть подтвержден УЕФА.